塗装工事は完成された製品を売っているわけではなく、どのような工事をするかは見積もり時点では決まっていないため、安い＝お得、高い＝ダメとはいえません。

まず、A社とB社の工事仕様（内容）を確認してください。
特に下地処理の有無に関して、どのような工程を行うかを確認してください。
何も明記されていない場合は、下地処理の有無についてお電話で確認してみるのも良いでしょう。

この時点で下地処理の有無をうやむやに説明する業者はお断りしたほうが良いでしょう。

次に、どのようなランクの塗料※で仕上げるのかを屋根、外壁ともに確認してください。
仕様が異なっている場合は、どちらかの業者の仕様に合わせ再度お見積書を提出してもらってください。
（単に異なる材料にしたところで単価が少々変わる程度で、手間がかかるわけではありませんので遠慮しなくても大丈夫と思いますよ）

※塗料のランク
アクリル、ウレタン、シリコン、フッ素樹脂など
または、光触媒や遮熱塗料も含みます。

A社、B社ともに１日平均何人の職人が工事に携わり、何日程度かかるのか確認してみてください。
要は工事に計何人の職人が携わるのかを確認してみてください。

この時点で工事に関して何人の職人が携わるかわからないと言う業者はお断りしたほうが良いと言えます。

そして、その人数を工事価格で割り（工事価格÷施工人数を計算し）出た数字を比較し、この金額(一人当たりの材工金額）が安いほうが良心的といえます。
（ただし、上記の人数を各業者が正直に答えてくれることが前提です）

以上、上記の段階を踏まえ各業者に確認する過程において、対応の誠実性などを比較し、信頼を置ける方にお願いしたほうが良いと思います。
繰り返しとなりますが、
安い場合でも施工品質の低い手抜き寸前の工事の場合もありますし、高い場合でも高い施工品質を前提とした適正価格の場合もあるからです。
もちろん、価格が安くて施工品質が高い工事が一番であるということは言うまでもなく、このような宣伝文句は多々目にすることは多いと思いますが、現実はまったく異なることもしばしばです。